На CR250 до 2002, помимо изменения высоты окна, еще есть подключаемая резонансная камера (т.н. сосуд Гельмгольца). Принцип работы, грубо, в двух словах - изменение длины прямой части приемной трубы, дающий больший крутящий на средних оборотах. Может быть из-за этой камеры моторы этих годов некоторым больше нравятся?
Проверь золотники, саму камеру. Настройки карбюратора тоже могут быть причиной. Ну и износ поршневой. Резкий подхват, после тягомотного раскручивания, чаще всего из-за поршневой.
