У меня есть подозрение что твоя щека вала выточена заодно с цапфой, поэтому не вижу смысла в этой операции (центровка по отдельности. Это ж как нужно бить по шеке (или прессовать (распрессовывать) вал с каким усилием) чтобы согнуть цапфу, раз есть неуверенность в этом?
Думаю, лучше собрать вал правильно по меткам с новым комплектом НГШ правильно, в уж затем от центровать его в центрах или в призмах....