Володь, если позволишь, отвечу. 
Отвечаю с цитатой по тексту:
 1. МФР связывается с региональными Федерациями. Зачем им местные организаторы?
От местных федераций толка нет, так как в глазах организаторов и простых гонщиков у них только негативные наработки. Организаторы - любители, проводящие соревнования не один год для развития спорта сделали, на голом энтузиазме многократно больше. 
 2. На каком основании МФР обязана бесплатно проводить судейство в регионах? Это. скорей всего, обязанность региональных Федераций.
В уставе МФР русским по белому написано, что данная общественная организация создана для развития мотоциклетный видов спорта! 
Это ее основная задача! 
Местные федерации не имеют оккредитации в гос ком спорта в отличии от МФР
 3. В автоспорте именно так и делается.
Не могу сказать что либо за автоспорт.
 4. Оказывать поддержку организаторам должны местные федерации, но ни как не МФР.
Местные федерации не имеют ни уважения среди спортсменов ни поддержки спорт комитетов и власти на местах. 
 5. Никакой плавности. Принят новый регламент и сразу рассылается в регионы. 
Ну и сразу будут посланы! Прежде чем диктовать условия, необходимо заработать авторитет в глазах оргов и спортсменов, а с этим очень плохо. 
 Лицензии за 300-500? А на что же тогда они жить будут?! Да ещё и платить! ... 
Собрать по 3500р с 40-50 участников ЧР? Это решение вопроса?  Минимальная стоимость лицензии и повсеместное изменение отношения позволит многократно увеличить суммы от продажи лицензий.
 Извини, но проезд к месту соревнований всегда лежал на плечах спортсмена.
На Чемпионат СССР сборная Тюменской области ( по крайней мере) выезжала за счет ДОСААф- организации на то время культивирующей мотокросс и эндуро. 
Эта функция передана МФР, ведущей деятельность не только за средства от продажи лицензий, но и имеющей государственное целевое финансирование. 
 Региональная Федерация может поспособствовать в этом, но не более.  
Региональные федерации - в сад! В них нет толка. 
 ЗЫ. Володь, спустись с небес. :)  
До неба однозначно доберемся, а пока туда еще много дел! :)
Выскажу еще одно сугубо личное предостережение: точка невозврата у МФР еще не пройдена, но до нее осталось не больше чем 1-2 года.
Так что дело за вами! 
Слава, я прекрасно понимаю твое настоящее и надеюсь  искренне желание изменить что либо к лучшему и прекрасно осознаю, что сторонников в комитете у тебя не так много.
Рано или поздно эндуро в России приобретет серьезный уровень и сегодня от МФР зависит не то когда это произойдет, а будет Федерация к этому причастна или нет, не более того.