Я??? Побойся Бога, с меня песок сыплется)))) Я на первом трамплине прыгну, и душа полетит дальше вверх, а тушка с мотом поедет дальше. Я древний, мне седые мамонты в метро место уступают))))
  Пацана учу пользоваться, он может не почувствовать момента и рвануть коробку. В принципе, если чувствуешь мотор и коробку, можешь вверх без сцепы щёлкать.
Но поскольку у тебя речь идёт не на 0,1 секунды на круг, а о ближе к любительской езде, лучше пользуйся. Обидно будет среди сезона порвать коробас и месяц ждать шестерни или вилки.
Ты подготовься не спеша к след. сезону, погоняй на местных гонках, всяких там Вововоронежах, Липецках, Тамбовах, и уже решай, получается/не получается, хочется/не хочется. Как на старой макаке до серединки доедешь-пора о более свежем моте задумываться.
Как-то так, я думаю.

Этот мануал я уже скачал,я просто заметил то что крышки двигателя поменялись, думал и двиг миримому тоже поменялся.

На Ямахе 125 с 05 года двигатель другой.

Вот, скачивай мануал на 03 год: http://yadi.sk/d/DqLb147QEB5Xu для тебя залил.

надо обязательно менять помимо вышедших из строя деталей?

Прокладки однозначно
Стопорочки поршня однозначно, хотя.... Можно и подразогнуть, но они в к-те с поршнем идут.
Сальники колнвала. Ну, ты уже всё равно там, не проходить же мимо...
Померять толщину дисков сцепления. Всё равно их промывать и штангель рядом, не пропадать же добру?
 В общем, всё, что можно поменять-меняй. Хуже не будет.
И подшипники коленвала не выбивай молотком.
Отмой половинки, чтоб не воняли, возьми домой, включи духовку на 180 С, нагрей половинки и подшипники почти что сами выпадут. Пока греются, приготовь доску и лёгкий молоточек помочь старым подшипникам выпасть, а новым встать на место))))

 И да, имей ввиду, твоя самостоятельная разборка мотора остановится на этапе снятия ротора. Нужно или съёмник, или знать, где и как и чем тюкнуть)))) Померяй резьбу заранее, съёмник простейший.

Не надо бы в идеале локально греть половинки, не на здоровье это мотору.
Но это так, высокие материи, моторам этих лет уже пофиг))))

Пойдёт. Но не на все прокладки. Половинки можешь вообще без прокладки собрать. если уверен в себе. Если нет-то на тончайший слой герметика клей прокладку на одну половинку, и прижимай другой.
А вот под цилиндр и под лепесток придётся тебе обойтись без герметика.